Dirigée d'une main de maître par la présidente du conseil des élèves, Satsuki Kiryuin, l'académie Honnouji est réputée pour ses Goku uniformes, des vêtements spéciaux donnés à certains élèves et leur offrant des pouvoirs surhumains. Le quotidien de l'établissement va se voir bouleversé le jour ou Ryuko Matoi, une adolescente recherchant des indices sur la mort de son père, intègre l'école. N'ayant que sa vengeance en tête, cette dernière reniera l'autorité de Satsuki afin d'obtenir des réponses.
